Một vụ nổ bom diễn ra tại nơi tổ chức Hội nghị Thượng đỉnh Tokyo. Trớ trêu thay dấu vân tay của ông Mori lại được tìm thấy ở hiện trường. Để có thể giải cứu “bố vợ”, Conan dốc lòng điều tra vụ án. Thế nhưng cậu liên tục bị Amuro Tooru – Người đang phụ trách lực lượng cảnh sát an ninh trên toàn quốc với bí danh Zero liên tục cản trở.